增值税是对销售货物和提供服务行为在多个环节征收的价外流转税，原理是通过“上征下抵”“进项抵扣”的征收机制，即上游企业销售商品时缴纳的销项增值税，作为下游采购企业的进项增值税可以抵扣，下游采购企业缴纳销项税减进项税的差额，从而实现每个环节只就增值部分缴税，避免产业链条中间环节的重复征税。
连锁经营的各业态企业日常采购商品或原料、销售商品或提供服务等经营活动均涉及到增值税的核算与缴纳。由于增值税实行多档税率并行，意味着不同货物和服务适用不同档次的税率，往往一项交易行为需要人为拆分后才能适用不同税率，而各地税务机关的执行标准也不够统一，导致“同业不同策”现象普遍存在。同时，增值税须产业链上下游环环抵扣，不同环节、不同主体每年还有数量和规模不小的税收优惠政策生效实施，“高征低扣”和“低征高扣”等老问题基础上，还经常存在增值税抵扣链条断裂或不完整等现象，严重影响企业的市场稳定预期和公平竞争。
8月28日，十四届全国人大常委会第五次会议对《中华人民共和国增值税法（草案二次审议稿）》(以下简称“草案二次审议稿”)进行了审议，通过对草案一、二次审议稿的具体内容比较分析，草案二审稿主要有如下修改：
01限缩部分授权
将原国务院财政、税务主管部门进行规定的部分增值税处理情形上升到以国务院具体规定为准，主要涉及到视同应税交易行为、差额计算销售额、留抵退税处理、进项税额不得从其销项税额中抵扣等情形。这些限缩授权情形，都是对纳税人的增值税处理具有较大影响，且容易产生争议的事项，将授权管理上升到国务院，更能体现法定征税的原则。
02明确小规模纳税人的标准等基本税制要素，基本体现税制平移特点
草案二次审议稿第七条和第八条对小规模纳税人的相关税务处理事宜进行平移明确，同时强调国务院可以根据国民经济和社会发展的需要，对小规模纳税人的标准作出调整，但需要报全国人民代表大会常务委员会备案。具体如下：
★ 延用现有标准：小规模纳税人是指年应征增值税销售额未超过五百万元的纳税人。小规模纳税人以及符合国务院规定的纳税人,可以按照销售额和征收率计算应纳税额的简易计税方法，计算缴纳增值税。
★ 申请一般纳税人的条件：如果小规模纳税人会计核算健全，能够提供准确税务资料的，可以向主管税务机关办理登记，按照本法规定的一般计税方法计算缴纳增值税。
03明确留抵退税选择权
草案二次审议稿第二十条明确了当期进项税额大于当期销项税额的部分，纳税人可以选择结转下期继续抵扣或者申请退还，为纳税人提供两种处理方式，但具体办法由国务院规定。
留抵退税即把增值税期末未抵扣完的税额退还给纳税人。增值税实行链条抵扣机制，以纳税人当期销项税额抵扣进项税额后的余额为应纳税额，当进项税额大于销项税额时，未抵扣完的进项税额会形成留抵税额。
通过留抵退税，可以将税款以“真金白银”的形式实实在在地退还给企业，直接增加企业即期收入，有利于企业解决资金困难。从实务操作来看，如果企业的留抵税额能够在合理的经营周期内进行抵扣，即不会产生经营性或者政策性留抵时，则企业可以根据资金需要、留抵退税申请程序、以及留抵退税税务检查要求选择任一种处理方式。
04强调增值税价外税的表现形式
草案二次审议稿第六条强调了增值税作为价外税的表现形式，即增值税税额，应当按照国务院的规定在交易凭证上单独列明。
价格之外附加的税属于价外税，一般认为价外税比价内税容易转嫁。从增值税的角度而言，逐环节征税、逐环节抵扣，增值税由最终的消费者承担。回顾近几年的增值税税率档次下调，最终消费者很难从价内税凭证中直接了解增值税税率下调所释放的税收政策红利，不能直观对增值税税率的下调有所感受。所以，强调增值税价外税的表现形式一方面能够更好的和国际交易凭证处理方式接轨，另一方面也能让最终消费者最快最直接的接触增值税税率的变化。
05明确未来增值税专项优惠政策的方向
草案二次审议稿二十四条提到， 根据国民经济和社会发展的需要，国务院对支持小微企业发展、扶持重点产业、鼓励创业就业等情形可以制定增值税专项优惠政策，报全国人民代表大会常务委员会备案。
从目前的经济发展，可以看到政府对支持小微企业发展、扶持重点产业、鼓励创业就业等发展的一贯的、持续性支持，这些方向性的优惠政策也值得持续和期待，这对于开展加盟的连锁企业尤其重要。
此外，对于大家关心的增值税税率“三档变两档”，在此稿中仍未提及，目前仍然保留了增值税13%、9%和6%三档税率和原适用范围。从增值税法理来看，单一税率结构最有利于发挥增值税的中性作用，考虑到增值税在税负承担上具有累退性特性，世界上大部分国家在避免设置过多档次税率结构的同时，又对农产品、基本生活用品等设计低档税率，以弱化增值税的累退特性。从实际操作角度，增值税税率多档并行给税务机关和纳税人都带来税务征纳的困惑，也不利于新模式、新业态的发展。如新技术和互联网科技的应用助力企业开发、开展全方位的消费服务，出现了零售、餐饮、货物运输、安全保险、设施设备租赁等不同服务类型相互融合发展的现象，现行税率机制难以对新业态、新业务进行准确划分和核算，从而增加企业管理成本，不能很好的体现增值税的中性原理，期待后续的审议稿中考虑对增值税税率结构的优化。
整体而言，与草案一次审议稿和现行法规相比，草案二次审议稿的实质性改动并不显著，仍然保持了现行增值税制度总体框架，借鉴国际增值税改革经验，以法律的形式巩固增值税改革成果，对部分内容做相关调整，优化表述，使其更加精炼、严谨。
