未发现与移植有关的肿瘤形成，也未发生与移植有关的死亡。
2019年1月底，北京大学肿瘤医院发表于在《自然—生物医学工程》（Nature biomedical engineering）上的研究发现，无论是自体还是异体来源的间充质干细胞（骨髓、脂肪、脐带或胎盘来源），动物和人体临床研究均未见严重不良反应，未发现与移植有关的肿瘤形成，也未发生与移植有关的死亡。之前有关间充质干细胞的问题是由于技术原因和应用不慎导致的，而非细胞本身的问题。
5种疾病未出现不良反应。
这项研究让普通大众对间充质干细胞治疗的安全性有了新的认识。事实上，间充质干细胞治疗的安全性在以往已经发表的研究中也得到了证实。2012年，《PLoS One》上的数据显示，间充质干细胞治疗缺血性脑卒中、克罗恩病、心肌病、心肌梗死以及移植物抗宿主病5种疾病未出现不良反应。科研人员对1012名接受间充质干细胞治疗的病人进行了分析（涉及上述5种疾病），结果并未发现治疗相关的急性毒性、器官系统并发症、感染或恶性肿瘤等事件。
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