间充质干细胞与血管内皮细胞具有相似性。
干细胞归巢是指自体或外源性干细胞在多种因素的作用下，能定向趋向性迁移，越过血管内皮细胞至靶向组织并定植存活的过程，类似人体局部炎症反应后大量白细胞迁移至炎症周围。2009年Krap等建议将“间充质干细胞归巢”定义为：间充质干细胞在目标组织的脉管系统里被捕获，随后跨越血管内皮细胞迁移至目标组织的过程。间充质干细胞与血管内皮细胞具有相似性，因而易于迁移和植入。干细胞“巢”作为一种特殊的微环境，是干细胞存在的础，“巢”通过不同信号途径调控着干细胞的行为，使干细胞的生长、间充质干细胞表面广泛表达趋化因子和生长因子等受体，其归巢过程亦涉及趋化因子、黏附分子、生长因子和酶等多种配体及其受体的参与，即配体与在间充质干细胞上表达的相应受体结合具有驱动间充质干细胞归巢的作用。
移植的干细胞顺利归巢至微环境。
要求损伤部位的信号分子和间充质干细胞表面受体相一致，这也是决定干细胞移植的成败之一。目前研究最多的是基质细胞衍生因子1、CXC 趋化因子受体、肝细胞生长因子(hepatocyte growth factor，HGF) 及其受体离散因子受体c-met(HGF/c-met)、单核细胞趋化蛋白(monocyte chemotactic protein，MCP)、CC趋化因子受体 (CCR)、黏附因子等。
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