间充质干细胞技术也有重要应用。
间充质干细胞研究项目最多。通过利用间充质干细胞的免疫抑制作用，MSC被广泛用于缓解异体移植的免疫排斥的研究。目前，利用间充质干细胞进行心脏修复研究取得了较大进展。临床试验结果表明，自体骨髓干细胞移植效果不佳、异体间充质干细胞移植对缺血性心脏病效果各异。在肺病、肝病、糖尿病、缺血性中风和ALS等疾病领域，间充质干细胞技术也有重要应用。
临床研究面临挑战
目前，多数干细胞临床研究还处于临床Ⅰ、Ⅱ期阶段，有很多临床研究失败或终止，有些研究缺乏足够的临床前数据，也有使用未分化的胚胎干细胞，但其有致瘤的风险。虽然干细胞具有广阔的临床应用前景，但干细胞的临床应用也面临着一些挑战。一是如何保证稳定的细胞来源和足够的移植细胞量，二是如何获得维持细胞活性的细胞保存技术，三是如何保证干细胞移植治疗的安全性，四是如何有效提高干细胞治疗的治疗效果。目前，干细胞治疗还未获得普遍应用，但多项研究结果表明，干细胞在细胞移植、组织工程和再生医学等领域具有极高的应用价值。
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