干细胞治疗慢性肺阻等肺部疾病需要在病患适应范围。
利用间充质干细胞治疗肺部疾病的临床试验注册有50例，涉及肺损伤、慢性阻塞性肺病、肺纤维化等疾病。临床前的实验表明，间充质干细胞能够分化成包括支气管上皮细胞在内的不同肺部细胞类型，再生支气管结构、修复肺气肿、减少炎症。但目前情况下，利用干细胞治疗慢性肺阻等肺部疾病需要在病患适应范围、何种干细胞回输、治疗时间、剂量等问题上需要进一步探索。随后接受为期2年的回访。治疗组没有出现回输毒性、死亡或者严重的副作用事件，这显示间充质干细胞治疗非常安全，病人接受程度很高。在随访期间，显示间充质干细胞治疗显著降低COPD病人血液中的C反应蛋白，显著改善病人系统性炎症的病症。
干细胞是从病人支气管内分离、扩增并用纤维支气管镜无创移植回患者的病灶处。
国内利用间充质干细胞治疗肺部疾病实现重大突破，同济大学的左为和东方医院的任涛主任所主导的“人自体支气管基底层细胞（肺脏干细胞）移植治疗间质性肺病临床研究”。该项目中所使用的干细胞是从病人支气管内分离、扩增并用纤维支气管镜无创移植回患者的病灶处。先期对两名支气管扩张患者进行间充质干细胞治疗，经过3-6个月后，干细胞逐渐形成了新的肺泡和支气管结构，完成了对损伤组织的修复替代。移植一年之后两位患者均自述咳嗽、咳痰和气喘等症状出现改善。
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