间充质干细胞技术也有重要应用。
例如80、90后最关注的脱发问题，老生常谈的糖尿病问题，一些经久不愈的肠炎，心血管疾病或颅脑损伤，这些干细胞研究都在如火如荼的进行中。不过，目前国际上对干细胞的合法商业使用非常谨慎，“造血干细胞移植技术”是第一项被国际批准得合法干细胞技术，除此之外，仅有为数不多的干细胞治疗药在其他国家获得商业应用。间充质干细胞研究项目最多。通过利用间充质干细胞的免疫抑制作用，间充质干细胞被广泛用于缓解异体移植的免疫排斥的研究。目前，利用MSC进行心脏修复研究取得了较大进展。临床试验结果表明，自体骨髓干细胞移植效果不佳、异体间充质干细胞移植对缺血性心脏病效果各异。在肺病、肝病、糖尿病、缺血性中风和ALS等疾病领域，间充质干细胞技术也有重要应用。
干细胞在细胞移植、组织工程和再生医学等领域具有极高的应用价值。
临床研究面临挑战：目前，多数干细胞临床研究还处于临床Ⅰ、Ⅱ期阶段，有很多临床研究失败或终止，有些研究缺乏足够的临床前数据。
关山难越：干细胞三期临床试验成功的关键要素是什么？
虽然干细胞具有广阔的临床应用前景，但干细胞的临床应用也面临着一些挑战。
如何保证稳定的细胞来源和足够的移植细胞量？
如何获得维持细胞活性的细胞保存技术？
如何保证干细胞移植治疗的安全性？
如何有效提高干细胞治疗的治疗效果？
目前，干细胞治疗还未获得普遍应用，但多项研究结果表明，干细胞在细胞移植、组织工程和再生医学等领域具有极高的应用价值。
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